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Généralement, ces difficultés cognitives d'apprentissage ou professionnelles, ou de scolarisation/insertion professionnelle ne sont pas dues au Haut Potentiel Intellectuel mais à des troubles associés qui ne sont pas diagnostiqués et donc pas pris en charge (rééducation et/ou thérapie spécifique). Or, on retrouve ces mêmes problématiques d'apprentissage ou d'interactions sociales chez des personnes ayant des troubles "dys", un Trouble du Déficit de l'Attention avec/sans Hyperactivité (TDA/H), un Trouble d'opposition/Provocation (TOP), des Troubles du Spectre Autistique (TSA) de type "syndrome d'Asperger" / "autisme de haut niveau" etc. mais sans HPI ! 

D'ailleurs, le fait de se sentir "différent" des autres, souvent mis en avant comme signe de HPI, ou ne pas avoir le même humour, ou se passionner très fortement pour un centre d'intérêt précis (les dinosaure, l'astronomie, la musique etc.) et ne "penser qu'à ça" etc. n'est absolument pas spécifique au HPI. Une personne avec un TDA/H, et/ou un syndrome d'Asperger ou autisme de haut niveau se sent également différente des autres, peut avoir également un humour différent sans être nécessairement avec un HPI, ou un centre d'intérêt restreint (pour le TSA). Et cela existe probablement aussi sans TDA/H ou TSA. 

Il convient donc de faire un diagnostic "différentiel", avec au minimum en plus d'un test de QI, des questionnaires internationaux de prédiagnostic pour le TDA/H, les TSA, puis poursuivre l'exploration avec des bilans complémentaires (NEPSY 2 "attention et fonctions exécutives" et "perception sociale", ADOS 2 module 3 ou 4) si cela s'avère nécessaire.

Sans cela, passer seulement un test de QI revient à faire une évaluation très partielle du fonctionnement cognitif d'une personne, et donne un diagnostic borgne qui, bien souvent, ne répond que très partiellement aux interrogations qui ont amené la passation du test. 

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Par ailleurs, le score du Quotient Intellectuel (souvent appelé "le QI") nous renseigne très peu sur le détail du fonctionnement cognitif de la personne car ces tests sont composés d'au moins une dizaines d'épreuves (subtests) qui évaluent des fonctions cognitives toutes différentes. De plus, au WPPSI 4 et WISC 5, seule une partie de ces subtests sont retenus pour calculer le score du QI, ce qui induit des biais, tout comme si on faisait une moyenne générale d'un élève de classe 4ème mais en ne prenant en compte que l'algèbre mais pas la géométrie etc.   

De plus, le score de QI fait une sorte de "moyenne" de fonctions cognitives différentes, ce qui n'a pas de sens pour une analyse neuropsychologique fine qui, au contraire, va examiner chaque fonction individuellement. En revanche, cela permet de faire des statistiques et de dire que la personne est (ou n'est pas) dans les 2% de la population de sa tranche d'âge à réussir jusqu'à ce niveau de difficulté. 

De même, le détail des 5 Indices qui composent le test WPPSI 4 et WISC 5 (ICV : Indice de Compréhension Verbale, IVS : Indice Visuo Spatial, IRF : Indice de Raisonnement Fluide, IMT : Indice de Mémoire de Travail, et IVT : Indice de Vitesse de Traitement) et des 4 Indices pour le test WAIS 4 (ICV : Indice de Compréhension Verbale, IRP : Indice de Raisonnement Perceptif, IMT : Indice de Mémoire de Travail, et IVT : Indice de Vitesse de Traitement) peuvent être hétérogènes à cause de troubles associés, et amener un score de QI inférieur à 130 mais avec certains Indices ou épreuves pourtant situés dans la zone du HPI... 

Enfin, pour entrer davantage dans le détail, il faut avoir en moyenne une note standard ≥ 14/19 à tous les subtests retenus pour le calcul du QI pour avoir un QI à 130. Or, une personne peut avoir plusieurs notes standards ≥ 14/19, ce qui indique un niveau de raisonnement ou de mémoire ou de vitesse de traitement situé dans la zone du Haut Potentiel Intellectuel, mais sans pour autant obtenir 130 de QI à cause de difficultés cognitives ou troubles (dys, TDA/H, neurovisuel etc.) associés amenant des notes standards inférieures à certaines autres épreuves. Il y a alors un HPI hétérogène, c'est-à-dire présent que dans certaines fonctions cognitives.

Cela fait donc la suspicion de troubles associés qu'il faut diagnostiquer par des bilans complémentaires et par un médecin spécialisé, et rééduquer au lieu de se dire qu'un enfant HPI écrit mal, ou qu'il ne comprend pas l'implicite ou le 2nd degré, et que c'est normal puisqu'il est HPI. Notons que l'on retrouve ces mêmes difficultés chez des patients sans HPI. 

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Enfin, les données d'un CMP spécialisé sur le HPI dirigé par le Dr. S. Tordjman indiquaient au début des années 2010 que 60-70% des élèves HPI de ce CMP (ce qui n'est donc pas une généralité mais une indication) avaient des difficultés de comportement (donc possiblement TDA/H, TOP, voire TSA), 10% des difficultés scolaires (donc possiblement des troubles DYS, TDA/H), et environ 5% auraient connu un redoublement, parfois après avoir sauté une classe.